Kanizsa fejlődésében a XIX. század közepén törés állt be: a magyar polgári forradalom idején a szociális és nemzeti ellentétek véres hadviselésbe torkollottak, amelyek során a kanizsaiak részt vettek Szenttamás első sikertelen ostromában, majd onnan hazatérve a szerbeket vádolva a sikertelenségért, lefegyverezték a kanizsai nemzetőrség szerb tagjait, és ekkor több szerb lakos lincselés áldozata lett. A következő 1849. év elején a szerbek a szerbiai önkéntesek támogatásával felnyomultak a Tisza mentén és február elején Kanizsáról és Martonosról kiszorították a honvédséget. A magyar lakosság a megtorlástól tartva tömegesen Horgosra és Szegedre menekült.
    Márciusban fordult a hadihelyzet, most a császárpárti szerb csapatokat szorították ki a honvédek és a nemzetőrök Martonosról és Kanizsáról, és a szerb lakosság menekült a Tiszán át Bánátba: a város visszafoglalásában a horgosi nemzetőrök és Percel tábornok szabadkai egységei is részt vettek. Ekkor a már feldúlt és kirabolt várost felgyújtották.

Kanizsa a forradalom idején rendezett tanácsot és címert kapott: eddigi ovális pecsétcímerében a szerb határőrt magyar huszárral cserélték fel, a címert csücsköstalpúra változtatták, és elhagyták róla a Habsburg kétfejű sast, helyette közönséges címerkoronát alkalmaztak. A forradalom bukása azonban ezeket a változásokat elsodorta: 1849. augusztus 5-én a várost elfoglalták a császári seregek, és egy súlyos csatát vívva átkeltek a Tiszán, visszaszorítva Guyon tábornok fáradt magyar csapatait. A szabadságharc végén Kanizsa 1311 házából mindössze 105 maradt: az emberi veszteségeket viszont nem jegyezték fel sem az egyik, sem a másik oldalon.

Az új államban Kanizsa (1920-tól: STARA KANJIŽA) határszéli fekvése és nemzetidegen lakossága leállította a település eddig sem gyors gazdasági fejlődését. A jugoszláv földreform- és telepítéspolitika nemzeti érdekeinek megfelelően a fel nem tört közlegelőkre szláv lakosságot telepített. Likai telepeseknek Kanizsa határában zárt településeket hoztak létre VELEBIT (1941: 924 lakos) és VOJVODA ZIMONJIC (1948: 472 lakos) néven. Kellő termelőeszközök és tapasztalatok nélkül a hegyvidéki telepesek nehezen akklimatizálódtak, ugyanakkor a helyi földmunkásság nem részesült az agárreformmal kiosztott telkekből. A második világháború idején a bécsi döntés alapján a Magyar Királysághoz visszacsatolt Kanizsáról a szláv telepeseket internálták, településeikbe bukovinai székely hazatelepítetteket hoztak (Velebit = Fogadjisten). Ezeket három év múlva a visszatért délszláv rendszer telepítette ki.

A második jugoszláv (szocialista) agrárreform most az újabb szláv betelepítettek mellett a helyi magyar földmunkásoknak is juttatott földet, ezzel tompítva élét azoknak az atrocitásoknak, amelyekkel a délszláv lakosság 1941. évi meghurcoltatásáért a magyar lakosságot büntette. A mezőgazdasági termelés kollektivizálása, az üzemek és vállalatok államosítása, majd a sztálini rendszerrel bekövetkezett szakítás újabb és újabb megrázkódtatásokat hozott, amelyek miatt sem a mezőgazdasági, sem az ipari termelés nem volt képes a holtpontról kimozdulni.